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薬局では訪問による服薬指導や管理指導等、在宅医療業務も活発に行われています。
「かかりつけ薬局」としての機能を重視し、窓口を設けているところもあります。また、薬剤師の中にはまたケアマネジャーの資格保有者も多く、薬局によっては資格取得支援をおこなっているところもあります。

1994年の診療報酬改定により、薬剤師の在宅医療を評価する「在宅患者訪問薬剤管理指導料」が新設され、薬学的管理指導を行った場合に算定できるようになりました。
但し、あくまでも患者を往診している医師による訪問指示依頼書があってから訪問し、またその結果を報告することとなっています。

-在宅医療の流れ-
1. 医療機関から処方箋及び訪問指示依頼書が届く。
2. 患者を訪問し、薬剤師の訪問についての説明を行い契約を結ぶ。
3. 服薬状況や薬の保管状況、他の薬を服用状況を確認する。
4. 処方されている薬について説明し、患者からの質問や相談に応じる。
5. 薬局に戻って報告書に記入し、医療機関に届ける。

また、薬剤師による薬剤サービスが介護保険でも「居宅療養管理指導」として認められています。

なお、日本薬剤師会では居宅等における医療(在宅医療)への参加について以下の様に取り組んでいます。
会員薬局・薬剤師:
在宅医療を行う診療所や訪問看護ステーション等との連携のもと、訪問薬剤管理指導業務を通じて在宅医療に積極的に取り組む。
支部薬剤師会:
都道府県薬剤師会の協力を得ながら、地域医師会等との連携のもと、会員薬局・薬剤師が在宅医療に取り組み易い環境整備(駐車禁止除外規定車許可の取得等)を行う。
都道府県薬剤師会:
支部薬剤師会と連携しつつ、都道府県医師会等との連携のもと、会員薬局・薬剤師が在宅医療に取り組み易い環境整備(駐車禁止除外規定車許可の取得等)を行う。
日本薬剤師会:
会員薬局・薬剤師による取り組みを支援するため、
1.訪問薬剤管理指導に関する啓発資材(地域住民向け)の作成と提供、
2.在宅医療への参加のためのマニュアルの作成と提供、
3.「食事・排泄・睡眠・運動からみた体調チェックフローチャート(BOOK版)」の作成と提供を行う。また、駐車禁止除外指定車許可について、厚生労働省等の理解を得ながら、都道府県薬剤師会等の取り組みを支援する。